Wilhelm von Pechmann protestierte heftig gegen den Anpassungskurs der evangelischen Landeskirche gegenüber dem NS­Regime.

Die protestantische Kirche befand sich in einer völlig anderen Situation als die katholische Kirche: Traditionell eng mit dem Staat verbunden, hatte sie viel größere Schwierigkeiten, sich den totalitären Gleichschaltungsbestrebungen des Nationalsozialismus zu entziehen. Sehr viele Protestanten waren aktive und überzeugte Nationalsozialisten. Die nationalsozialistischen "Deutschen Christen" wollten Christentum und Nationalsozialismus völlig gleichsetzen; demgegenüber beharrte die "Bekennende Kirche" auf einem unabhängigen "lutherischen Bekenntnis". Der bayerische Landesbischof Hans Meiser kämpfte vor allem darum, seine Landeskirche vor der Spaltung und Vereinnahmung durch die "Deutschen Christen" zu schützen. Ansonsten bewahrte er dem NS­Regime seine Loyalität. Den Abriß der Münchner Matthäuskirche 1938 nahm er ohne nennenswerten Protest hin. Die Münchner Pastoren gehörten in der Mehrzahl der "Bekennenden Kirche" an, doch nur wenige kritisierten in Predigten offen die nationalsozialistische Kirchenpolitik. Grundlegende Anstöße für eine protestantische Opposition auch gegen die Menschenrechtsverletzungen des Regimes kamen vereinzelt von Laien: Konsequentester Mahner für eine unabhängige Kirche, die vehement gegen die Judenverfolgung vorgehen müsse, war der Münchner Bankier und Kirchenvorstand Wilhelm von Pechmann. Unter Protest trat er 1934 aus der Kirche aus.